Las bacterias son organismos unicelulares que están presentes en el acuario de múltiples formas. Las hay que intervienen en el ciclo del nitrógeno eliminando los compuestos nitrogenados como las Nitrosomonas o las Nitrobacter, las que transforman los desechos del sustrato en compuestos aprovechables por las plantas y las hay responsables de múltiples patologías y enfermedades.

Se denomina método Berlín a cierta práctica de filtración efectuada en acuariofilia marina, cuyos principios de funcionamiento son la circulación correcta del agua, la filtración biológica de la roca viva y la utilización de un skimmer.

Podemos entenderlo como el hábitat para el cual un organismo esta especialmente adaptado. Para poder considerarlo como tal sus condiciones ecológicas deben de ser homogéneas.